「もののけ姫」では、サンとアシタカが男女の関係になっていたのでは？という都市伝説がファンの間でささやかれています。その理由は、洞窟の場面でそのように思われるシーンがあったからです。二人がお互いを意識して恋愛感情を抱くようなシーンは特に見受けられなかったため、衝撃的ともいえる都市伝説です。

もののけ姫のサンは人間を憎んでいることから、アシタカのころを最初は快く思っていませんでした。そんなサンがアシタカから「そなたは美しい」と言われたとき、明らかに動揺していました。そんな中、銃で撃たれたアシタカがサンが暮らす洞窟で何日も寝たきりになります。この時に男女の関係になったのではないかと言われています。このシーンについて宮崎監督は「そんなの、わざわざ描かなくてもわかりきってるじゃないですか！」と語っていることから、男女の関係になったのは間違いないと言われています。

「もののけ姫」のエンディングは、シシ神のいなくなった森が再生し始めたところにコダマが1匹いる、というシーンで終わります。このコダマですが、後に『となりのトトロ』のトトロになるという都市伝説があります。

不思議な話ですが、もののけ姫の舞台は今から約500〜600年前で、白くて小さいトトロは109歳という設定があったため、確かに時系列的にはおかしくない都市伝説ということになります。

タタリ神から呪いを受けたため、アシタカの右腕には痣(あざ)ができてしまいました。それは「強大な力を与える代わりにその命を少しずつ奪う」という恐ろしい呪いでした。アシタカは村を出る前に髪を切りましたが、日本の昔の慣例に「死者の髪を切る」というものがあります。つまり死の呪いを受けたアシタカは、それまでの高貴な身分ではいられないと、村を追われてしまったのです。その時婚約者であった少女・カヤからは小刀を贈られますが、それは別れの際の儀式だったそうです。

物語のクライマックスで、ジコ坊率いる集団がシシ神の首を獲ってしまいます。これにより森は枯れ、タタラ場は壊滅。しかしアシタカが首を取り戻し、暴走するシシ神に首を返したため、枯れ果てた森に少しだけ緑が戻ってきます。このアシタカの行為が、彼に取り付いていた呪いを解きました。それでも痣は完全には消えていませんが、この残った痣は「過去を忘れてしまう、人間に対する戒(いまし)め」として残っているのではと言われています。

サンの子孫が『千と千尋の神隠し』の主人公・千尋だという都市伝説があります。千尋は荻野千尋というフルネームですが、湯婆婆に名前を奪われ「千」という名にされてしまいます。湯婆婆との契約の際に千尋は紙に自分の名前を書くのですが、「荻」の字の「火」の部分を「犬」と、違う字を書いています。

この名前の間違いについては、なにか意味があるのではないかと言った意見が多く聞かれます。そしてこれが隠されたメッセージとするなら、ジブリで「犬」と言えば、犬神に育てられたサン。つまり千尋はサンの子孫だったのだという説です。しかし「犬」の1文字だけの理由付けでは飛躍しすぎな考えのため、デマというのが有力です。

「もののけ姫」において「サンの母親はエボシ」説は、有名な都市伝説です。自然を壊す人間たちが山の神々の怒りを買ってしまったため、エボシ御前が娘のサンを生贄にしたというものです。サンには赤ん坊の頃、モロの君を恐れた人間から生贄(いけにえ)として差し出された過去があります。その後モロの君に育てられたため、山犬たちを家族のように慕うようになりました。

気の強そうな整った顔立ちや好戦的な性格が似ていることからその噂は瞬く間に広まりました。サンがタタラ場を襲った際に、エボシが彼女を殺さなかったことがその証拠とされていますが、もしもそれが本当だとしたらとても切ない気持ちになります。