センバツ出場：3回
選手権出場：6回
主なOB：
・石山泰稚
・吉田輝星
・小野和幸
・足利豊

2022年、2018年夏の甲子園で吉田輝星（現日本ハム）らを擁し、準優勝を果たした金足農業野球部内でのいじめ事件が発覚しました。2年生2人が1年生3人に対して正座を強要して蹴る、バットのグリップエンドで頭を叩くなどの暴力行為が部室内で行われ、他部員は止めなかったため、部に処分が下されました。同校は既にその年の秋季秋田大会出場を辞退しており、翌年の選抜は絶望的な状況となりました。

センバツ出場：12回
選手権出場：9回
主なOB：
・大杉勝男
・松岡大吾
・竹原直隆
・宮本賢
・上田剛史
・ダース・ローマシュ匡　他

岡山県の甲子園常連校・私立関西（かんぜい）高校野球部の1年生部員が自殺していたことが判明。自殺の原因が上級生によるイジメを苦にしていた疑いがあることが、「週刊文春」の取材でわかったことから、問題になっています。関西高校は1887年創立の伝統校。県内唯一の男子校で、硬式野球部は甲子園に春夏合わせて21回出場した強豪校です。学校から約5キロの地点にある踏切で列車に撥ねられたそうです。

警察の捜査員が1年生部員全員に事情聴取すると、イジメは、4月の入部当初から始まったことがわかっています。「たびたび上級生が1年生の頭をバットで小突き、たんこぶができていた。一部の上級生はそれを“コンバット”という隠語で呼んでいました」などの証言から信ぴょう性は高いと言われています。

センバツ出場：0回
選手権出場：1回
主なOB:
・姫野優也
・米崎薫臣

大阪偕星学園高校（大阪市生野区）の元講師兼野球部コーチが、指導に当たった複数の男子生徒、後の調べで14人に性的暴行を加えるなどしたとして、強制性交と強制わいせつの罪に問われ、懲役10年（求刑同12年）が言い渡されました。生徒らは水落被告に嫌われると、試合のメンバー選考や卒業後の進路に影響すると考え、強く抵抗できず、休学や退学に追い込まれた生徒もいたそうです。

大阪偕星学園高（大阪市生野区）の野球部元監督と、津山市の旅館「文乃家」経営、吉間俊典容疑者が、岡山県津山市で行った野球部の強化合宿を悪用し、観光支援事業「Ｇｏ　Ｔｏ　トラベル」の給付金を不正受給したとして逮捕・起訴されました。

センバツ出場：5回
選手権出場：12回
主なOB：
・吉田篤史
・本間忠
・横山龍之介
・高橋洸
・飯塚悟史
・鈴木裕太

甲子園に春夏通算16度出場している日本文理（新潟）は、野球部生徒による寮内での暴力行為を収めた動画がSNSで拡散され、社会問題にまで発展しました。約40秒間の動画には野球部員の1人が別の部員の顔などを一方的に何度も殴る様子が映されていました。これにともない、３か月の対外試合禁止となりました。

センバツ出場：14回（優勝1回）
選手権出場：23回
主なOB：
・藤川球児
・岡林洋一
・中山裕章
・津野浩
・中西清起
・江本孟紀　他

高知商の野球部員が同校ダンス同好会の有料イベントにユニホーム姿で出演したことが問題となりました。高知商の部員は500円の入場料を取った発表会にユニホーム姿で出演。昨夏の甲子園大会出場時にダンス同好会に応援を受けたお返しで、引退した約10人の3年生が踊るなどした。日本高野連は「日本学生野球憲章が禁じる部員の商業的利用に当たる」とし、高野連が野球部長の謹慎処分を検討。しかし鈴木大地スポーツ庁長官は「個人的にはもう少し寛容になってもいいのかな」と発言するなど国民を巻き込む議論となり、結局上申は見送られました。

センバツ出場：2回
選手権出場：1回
主なOB:
・土居豪人
・アドゥワ誠

2019年1月、松山聖陵高校野球部員の頭を監督が小突いた映像が動画投稿サイト「ユーチューブ」で公開され、センバツ出場が決まった日の夜にツイッターに投稿されたものでした。同校によると、動画は2018年9月ごろに野球部宿舎で撮影されたとみられ、監督が１年生部員の顔をつかみ、頭を壁にぶつける様子が写っていたそうです。日本高野連は、松山聖陵高校の選抜出場は認めたものの、監督のベンチ入りを禁止しました。

センバツ出場：13回
選手権出場：6回（優勝1回）
主なOB：
・土井正三
・鈴木啓示
・大塚光二
・戎信行
・大村直之
・藤本敦士
・栗山巧　他