2001年には、2年生部員が「先輩の野球部員からパイプ椅子で殴られ、頭髪をバリカンで刈られるなどの暴行を受けた」として学園と先輩野球部員、監督らを相手取り187万円の損害賠償を求める訴えを起こしています。事件が起きたのは同年3月だったが、提訴したのは夏の甲子園出場がかかった大阪大会の組み合わせ抽選の前日。このタイミングでの提訴に、優勝候補だったPL学園は出場辞退と、監督の河野有道が引責辞任へと発展しました。これらの不祥事が社会問題化したため、PL学園野球部は2017年に高等学校野球連盟からも脱退し、事実上の廃部に追い込まれました。