1986年6月に、3年生部員が2年生部員に対して、敷地内の池にスリッパを投げ込み、それを取りに行くように命令。命じられた部員の1人はスリッパを取りに池に潜り込んだが上がってこなかったため、3年生部員は、たまたま近くにいた桑田真澄の父親に助けを求め、それからレスキュー隊を呼び引き上げられたが死亡していました。この事件が起きたことから2年生部員は寮で座り込みをして3年生のいじめに抗議するも、いじめはその後も繰り返されたそうです。3年生が引退した翌年の選抜高等学校野球大会では、応援団は人文字で死亡した部員のイニシャルであるMをスタンドからやろうとしたが、学校側と日本高等学校野球連盟から反対されたため、実現しませんでした。

土佐高校サッカー落雷事故は、1996年8月13日に大阪府高槻市で、高校生の部活動であるサッカーの試合で、高知県の私立土佐高等学校の男子生徒が被雷し、視力障害、両下肢機能の全廃、両上肢機能の著しい障害等、重大な後遺障害が残りました。また、生徒は復学を求めたものの、土佐高校はこれを認めず除籍処分とします。生徒と家族は高知地裁に学校や市などを相手取り民事訴訟を起こし、当初は請求を棄却されますが、差し戻し審で学校や高槻市体育協会の責任を認め、約4億8000万円の支払いを命じました。

桜宮高校バスケットボール部体罰自殺事件は、2012年12月23日に、大阪府大阪市の大阪市立桜宮高等学校（現・大阪府立桜宮高等学校）2年のバスケットボール部主将の男子生徒（当時17歳）が、顧問の体罰を苦に自殺した痛ましい事件です。体罰は日常的に行われ、自殺前日には顧問が当該男子部員に恒常的な怒号と暴行を与え続け、当該男子部員の顔面や頭部を数十回程度殴打、この暴行傷害の現場は一般観覧者によって撮影され動画に収められました。家族への謝罪と部活動継続が困難な旨をルーズリーフに纏めた遺書が、顧問への抗議文と一緒に葬儀後に見つかっています。部活動での体罰の問題が表面化し、社会問題にまで発展した衝撃的な事件でした。

2007年5月24日15時頃、2年生の女子テニス部員がランニング練習中に熱中症で倒れ病院に搬送し、一時心肺停止状態に陥った。その後一命は取り留めたものの、現在も低酸素脳症で会話が出来ずに寝たきりの状態が続いています。2010年、学校や教育委員会の対応に不信を抱いた被害女性の両親が学校側が安全配慮義務を怠ったとして兵庫県を提訴。

一審の神戸地方裁判所は、被害女性が倒れた原因が熱中症とはいえず、自主的に休憩を取ることも可能だったとして、原告の請求を棄却。しかし、続く二審の大阪高等裁判所では、被害女性が部活動中に熱中症に罹ったことを認め、顧問が水分補給をするよう指示しておくべきだったとし、学校側に管理責任および過失があったとして、県に対し2億3,000万円の賠償命令の判決。2015年12月15日、最高裁判所第3小法廷 （岡部喜代子裁判長） は兵庫県の上告を退け、判決が確定しました。

那須雪崩事故は、2017年3月27日に栃木県那須郡那須町の那須温泉ファミリースキー場付近で発生した雪崩事故で、春山登山講習会に参加していた高校の生徒や引率教員らが雪崩に巻き込まれ生徒7人と引率教員1人の計8人が死亡、計40人が重軽傷を負うという、2000年以降に日本で起きた雪崩事故としては最大の犠牲者を出した重大事故でした。

最も経験が必要な先頭の1班に配置されて雪崩に会い死亡した男性教諭が登山初心者だったなど、安全配慮義務違反が問題視され、2022年2月10日、宇都宮地方検察庁が男性教諭3人を業務上過失致死傷罪で在宅起訴。民事訴訟では2023年6月28日、宇都宮地方裁判所は判決で、県と県高校体育連盟に計約2億9000万円の賠償を命じる一方、教諭3人への請求は棄却しています。