1984年3月14日、笑っていいとも！のテレフォンショッキングのゲストは黒柳徹子でしたが、このコーナーは通常15分前後にもかかわらず、タモリを相手に圧倒的なトークを展開し、コーナー開始からCMやゲストへの電話（友達紹介）を忘れて話し続けた結果43分にも及びました。この43分間という記録は番組終了まで破られることはなく、長年破られない不滅の金字塔として語り継がれています。

笑っていいとも！のコーナーで実施された「女性が選ぶ好きな鍋ランキング」にて、20代から60代までの全世代で「キムチ鍋」が1位になったと発表されました。これを視聴者が不自然と感じたことで、番組による世論誘導（ゴリ押し）ではないかとの疑惑が一気に拡散しました。 当時は、俳優の高岡蒼甫氏によるフジテレビの韓国偏向番組に関するSNS発言をきっかけに、ネット上で「フジテレビ不視聴運動」や局への抗議デモが起きるなど大きな社会現象となっていたのも要因だったとも言われています。

素人参加型コーナーで出演者が特技を披露した際、本当に気絶して倒れてしまった生放送中の放送事故がありました。「一瞬で顔を真っ赤にすることができる」というもので、男性が「ちっきしょー！」などと叫びながら、息を止めて頭に急激に強い力を入れたため、脳への血流が一時的に低下して白目をむいたまま失神してしまいました。スタジオが騒然となる中、番組はすぐにCMへと切り替わりました。CM明けには、コーナー司会を務めていた中居正広さんや総合司会のタモリさんが「今のは倒れたフリ（演技）をしただけです」と釈明してフォローを入れましたが、緊迫した空気は隠せなかったようです。

1993年、番組内のコーナー「タモリ・ウンナンの大発見」に、視聴者から「B'zのアルバムを再生すると、曲ではなく不気味な音が流れたり叫び声のようなノイズが混ざる」という投稿が寄せられました。実際にスタジオでそのCDを再生したところ、B'zの楽曲ではなく、女性の悲鳴やうめき声のような不気味なノイズが流れ、音量が勝手に変わったり、CDプレイヤーの電源が切れなくなったりするなどの機材トラブルが発生しました。スタジオ内はパニックに陥るなどトラウマ回となりました。

テレフォンショッキングに出演した矢田亜希子は、次回ゲストの大竹しのぶさんに電話をかけた際、うっかり「はじめまして」と言ってしまい、番組のコンセプトである「友達の輪」の裏側をぶっちゃけてしまったのです。“お友達の紹介”というルールだったため、本当に友達ではないことが生放送で露呈し、大竹しのぶさんが絶句する事態となりました。

1988年7月放送の「笑っていいとも！」で、タモリが朝まで飲酒し、ひどい二日酔いの状態でスタジオアルタに登場した伝説の「泥酔・放送事故事件」です。「朝7時まで飲んでいました」と告白し、オープニングから呂律が回っておらず、汗だくでヘロヘロの状態で、異変を察知した当時のレギュラー・明石家さんまが登場し、タモリの泥酔ぶりを見て「酒臭い！」「荒れてまんねん！」とツッコミや説教を入れて笑いに変える事態となりました。ゲストの喜多郎とのトークもまともに噛み合わず、伝説の放送事故として語り継がれています。

2010年2月4日は「笑っていいとも！放送7000回」の記念すべき日だったのですが、この日1回限りで終わってしまったコーナーがありました。それが「タモリ・鶴瓶のFAXは最高!?」です。タモリと鶴瓶二人の前にFAX機が設置されて、視聴者からのFAXをその場で紹介するという企画でしたが、コーナーが始まり、第1号のFAXがなんと、裸のおじさんがコピー機に乗ってその裸体画像をFAXしてきたものでした。「昼の生番組でこんなリスクのあるコーナーをやるわけにはいかない」という理由で、このコーナーは一回だけで終わったとのことです。

1992年2月、テレフォンショッキングのゲストとして出演した桑野信義は、次のゲストに志村けんを紹介しるとスタジオは騒然となりました。志村けんに電話をかけて、タモリが「明日ですけど、大丈夫でしょうか？」と聞くと、「明日はゴルフなので」とまさかの出演拒否。結局は桑野さんがモト冬樹さんを紹介して、モトさんは出演を承諾したため、事なきを得ますが、タモリと志村けんの不仲説が持ち上がる事態に発展しました。

水道橋博士がテレフォンショッキングに出演した際、冗談半分で「免許証の写真はどこまで許されるのか」を試すため、眉毛や前髪を剃ったり、包帯を巻くなど毎回違う変装をして写真撮影を繰り返したというエピソードを披露し、爆笑をさそいました。これを知った警視庁は黙っていませんでした。 写真を撮り直すために「紛失した」と虚偽の申請をして複数の免許証を不正に取得し、古い免許証を返納しなかったり、さらに相方の玉袋筋太郎が「笑っていいとも！」に出演した際、その変装免許証の拡大コピーをテレビで披露したことを問題視。自宅に家宅捜索が入り、書類送検され、博士は芸能活動の無期限謹慎処分（約7ヶ月間）を受ける結果となりました。

2006年秋頃に「笑っていいとも！」のテレフォンショッキングに和田アキ子さんが出演した際、「わ」のつく居酒屋チェーン（後に「和民」であると言及）を利用した際、焼酎を割るためのお湯を頼んだところ300円の料金を請求されたと不満を爆発させました。和田アキ子の影響力は非常に大きかったため、和民の店舗や関係者、従業員が激怒する事態に発展したそうです。一部メディアでは、この発言をきっかけに和民の関係者から「出入り禁止にしろ」という声が上がったと報じられるなど、ちょっとした放送事故・炎上事件として話題になりました。

2003年6月4日の生放送中に発生した有名な事件で、一般の子供が参加する建前のコーナーだったにもかかわらず、出演した子供が芸能事務所の名前を明かしてしまったことで、番組側の「仕込み」が明るみに出てしまいました。ステージに登場した4歳の女の子は、自己紹介で「キリンプロの〇〇です！」と元気に所属芸能事務所（キリンプロ）の名前を名乗ってしまいます。さらに追い打ちをかけるように、隣にいた男の子が「ママがキリンプロって言っちゃダメって言ってたでしょ！」と注意してしまい、タモリやレギュラー陣を困惑させました。

2005年9月21日、テレフォンショッキングのゲストとして山崎邦正が登場した回に事件はおこりました。タモリと山崎邦正が話している時、観覧していた一般男性が「タモさん、いいともって年内で終了するって本当なんですか？」とまさかの発言をするとスタジオはざわつきました。タモリは落ち着いた様子で「いや、聞いてないですよ」と返答。スタッフが男性をスタジオの外に連れ出した後、タモリは山崎邦正に「お前が連れて来たんだろう？」と笑いに変えていました。CMが終わった後には、男性が座っていた席に白いクマのぬいぐるみが置かれている様子が映し出されていました。