センバツ出場：9回
センバツ出場：7回
主なOB:
・荒井幸雄
・山口鉄也
・武藤孝司
・小松原博喜
・片岡建
・笹川吉康
・河原隆一

甲子園に春夏16回出場の横浜商（神奈川）は、2022年、監督の体罰や暴言などが問題となりました。選手の胸ぐらをつかみ、頭を叩くなどしたほか、20年10月ごろからたびたび、選手がミスをした際などに暴言を吐いていたことがわかっています。監督は7カ月の謹慎処分を受けました。

センバツ出場：6回
選手権出場：9回
主なOB：
・村上宗隆
・伊勢大夢
・大塚尚仁
・小田裕也
・高山久　他

2022年、プロ野球ヤクルト・村上宗隆の母校である九州学院野球部の生徒らが、校内の寮で飲酒していたことが問題になりました。同校によると、野球部の2年生1人が飲酒したほか、同部の3年生1人が、剣道部や柔道部の寮生計4人と飲酒したことがわかりました。いずれも寮職員が発見。2年生は既に転校、他の飲酒した生徒は1週間の謹慎処分となったそうです。

センバツ出場：3回
選手権出場：4回
主なOB：
・南昌輝
・西口文也
・田村政雄　他

2022年10月15日、硬式野球部の60歳代の男性監督が、同部の1年生の男子部員をバットで殴り、頭部に軽傷を負わせました。被害を受けた部員は和歌山県警察に傷害容疑での被害届を提出し、同校はこの監督を指導から外す措置を取りました。同男性は辞任した後、同年12月19日に書類送検、翌年2月7日付で略式起訴、8日付で罰金15万円の略式命令を受けました。なお、他にも4件の体罰が確認されています。

センバツ出場：16回
選手権出場：20回
主なOB：
・万波中正
・藤平尚真
・柳裕也
・近藤健介
・筒香嘉智
・涌井秀章
・成瀬善久
・松坂大輔
・多村仁志　他

春と夏の甲子園で計５回の優勝を誇る強豪校の神奈川県、横浜高校は2019年に硬式野球部員に対する暴言が確認されたとして、平田徹監督と金子雅部長を同日付で解任したと発表しました。金子部長が日常的に部員に「死ね」「やめちまえ」などと繰り返し、平田監督も生徒の首をつかんで「何でできないんだ」などと罵倒したことがあったそうです。平田監督は2006年から同校コーチ、部長を歴任。15年夏に勇退した渡辺元智・前監督からチームを引き継き、16年から3年続けて夏の全国選手権大会に出場していました。

センバツ出場：1回
選手権出場：0回
主なOB：
なし

2021年春の選抜高等学校野球大会に出場し、一回戦で東海大菅生との激戦に敗れた聖カタリナ学園高（愛媛県松山市）野球部で、2022年に集団暴行事件が発覚しています。同校などによると5月下旬に野球部寮で1、2年生複数部員が関わる暴力行為が発生し、活動を停止していた。同校は部長、監督が活動から離れ、顧問を中心に指導していくとし、外部有識者による第三者委員会を立ち上げ再発防止を図ると公表。高野連からは愛媛大会と秋季四国、愛媛県大会への1、2年生部員の出場を不可とする処分を通達され、今夏の愛媛大会は3年生部員のみで臨みました。

センバツ出場：3回
選手権出場：6回
主なOB：
・小田嶋正邦
・赤間謙
・宮川哲

2021年、東海大山形の硬式野球部で部活動指導員を務めていた非常勤講師の20代男性が部員に体罰を加えていたことが判明しました。県によると、部員1人の頬を平手で3回叩いた。同校は「行き過ぎた指導」だったとして男性を野球部の指導から外した。夏6回、春3回の甲子園出場を誇る強豪校で、2021年の甲子園出場を懸けた地方大会では準優勝でした。

センバツ出場：15回
選手権出場：21回
主なOB：
・音重鎮
・湯上谷ひろ志
・村田勝喜
・村松有人
・松井秀喜
・山本省吾
・島内宏明
・奥川恭伸　他

2007年に星稜高校野球部員がバイクを盗んだ事件で、日本高等学校野球連盟（高野連）から警告処分が下っています。当時星稜は秋の北信越大会で準決勝敗退しており、北信越は選抜高校野球大会の枠が2枠でしたが、これで完全に選抜高校野球大会への出場は無くなりました。